Notícia

CellRepo: banco de dados de espécies e cepas cria ‘impressão digital’ de microrganismos modificados

Fonte

Universidade Newcastle

Data

sábado, 5 março 2022 14:40

Áreas

Bioinformática. Biologia. Biomedicina. Computação. Genética. Genoma. Metabolômica. Proteômica.

O número de microrganismos modificados deve aumentar drasticamente no futuro graças à explosão de poderosas ferramentas de edição de genes. Um exemplo convincente do ritmo do progresso é a resposta científica global à atual pandemia da COVID-19: em questão de semanas após o surto, o vírus foi isolado e seu genoma sequenciado e publicado. Menos de um ano depois, as vacinas foram desenvolvidas e lançadas.

Apesar desse progresso, ainda existem lacunas significativas em outras áreas da biotecnologia e, mais especificamente, na forma como a ‘engenharia’ de cepas é produzida e divulgada.

Recentemente, uma equipe internacional liderada pela Universidade Newcastle, no Reino Unido, lançou a Plataforma CellRepo.

O que é o CellRepo?

CellRepo é um banco de dados de espécies e cepas que usa códigos de barras de células para monitorar e rastrear organismos modificados. Relatado em um novo estudo publicado na revista científica Nature Communications, o banco de dados acompanha e organiza os dados digitais produzidos durante a engenharia celular. Ele também liga molecularmente esses dados às amostras vivas associadas.

Como o CellRepo facilita a engenharia de células confiável?

Disponível globalmente, o CellRepo oferece suporte à colaboração internacional e possui vantagens significativas de segurança. Por exemplo, ao permitir o rastreamento mais rápido de organismos, o CellRepo pode limitar o impacto de microrganismos geneticamente modificados liberados deliberadamente ou acidentalmente.

Como o CellRepo funciona?

A plataforma CellRepo foi construída com base no conceito de controle de versão. Este é um conceito da engenharia de software que registra e rastreia as alterações no código do software. Os cientistas acreditam que o controle de versão do software tornará a engenharia biológica mais aberta, mais fácil de rastrear e compartilhar e, portanto, mais confiável.

A equipe de pesquisa destacou os benefícios adicionais deste recurso da comunidade, como a rastreabilidade – fornecendo a documentação exata para uma cepa e creditando adequadamente o trabalho de laboratório, permitindo uma ciência mais aberta e reproduzível.

O banco de dados também coloca a inovação responsável em foco, facilitando o rastreamento e a atribuição de propriedade de cepas bacterianas projetadas. Da mesma forma, ele suporta rastreamento de IP aprimorado para designers de cepas.

Com acesso a um banco de dados global, os pesquisadores poderão reproduzir os resultados e colaborar com mais facilidade. Os cientistas também argumentam que o repositório melhorará a transparência e reduzirá os custos associados a dados e perdas de código-fonte.

Conheça os cientistas por trás do CellRepo

“A engenharia biológica é muito, muito difícil. E por isso é imperativo que a façamos da forma mais aberta e colaborativa. CellRepo, em sua essência, é uma plataforma de colaboração na qual os engenheiros de células podem documentar seu trabalho e compartilhá-lo com outros (dentro de seu próprio laboratório ou mais amplamente). CellRepo é um recurso da comunidade e, como tal, convidamos profissionais da engenharia biológica, biólogos sintéticos, profissionais da biotecnologia e cientistas da vida em geral para experimentá-lo e entrar em contato conosco para sabermos o que funciona e o que precisa ser melhorado”, disse o Dr. Natalio Krasnogor, professor de Ciência da Computação e Biologia Sintética na Escola de Computação da Universidade Newcastle, no Reino Unido, e autor principal do estudo.

“Sempre tive alguns problemas de identificação incorreta durante meus projetos. Felizmente, consegui encontrá-los no início e resolvê-los, mas não consigo imaginar quantos bons projetos falharam ou param por causa disso. Também gasto algum tempo como biólogo na construção retroativa da história dos plasmídeos e cepas que uso. Posso obter o material genético de alguém, mas quem foi o autor original? CellRepo corrige esses e outros problemas importantes para os experimentalistas”, concluiu o Dr. Jonathan Tellechea, profissional de biologia sintética do projeto.

Acesse a Plataforma CellRepo (em inglês).

Acesse a notícia completa na página da Universidade Newcastle (em inglês).

Acesse o artigo científico completo (em inglês).

Fonte: Dr. Natalio Krasnogor, Universidade Newcastle. Imagem: Divulgação, Universidade NewCastle.

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