Notícia

Árvore da vida: ferramenta ajudará pesquisadores em descobertas genômicas

Fonte

Universidade de Waterloo

Data

terça-feira, 20 agosto 2019 12:40

Áreas

Genômica. Bioinformática. Desenvolvimento de Fármacos.

Pesquisadores da Universidade de Waterloo, no Canadá, desenvolveram uma poderosa ferramenta online que permite aos usuários navegar por uma árvore de vida microbiana interativa e gerar novas hipóteses e descobertas científicas.

Ao integrar dados em milhares de genomas microbianos, a plataforma AnnoTree fornece uma estrutura abrangente para explorar a evolução de genes e funções microbianas e pode ser usado para avançar na pesquisa em uma ampla gama de setores, incluindo microbiologia, biotecnologia, produtos industriais, biocombustíveis e ciência de alimentos.

O aumento da compreensão da função genética e da diversidade de micróbios pode levar à identificação de importantes fenômenos biológicos, incluindo a disseminação da resistência a antibióticos, a evolução de patógenos bacterianos, a origem de novas famílias de genes e instâncias de transferência de genes entre genomas bacterianos específicos. A plataforma AnnoTree está disponível gratuitamente.

“A genômica expandiu muito nossa compreensão da árvore da vida, mas o que muitos pesquisadores querem saber é como genes específicos e funções biológicas são distribuídos na árvore. Embora anteriormente esse tipo de análise pudesse levar uma quantidade substancial de tempo e esforço, [a ferramenta] AnnoTree leva alguns minutos ou segundos ”, disse o professor Dr. Andrew Doxey, bioinformático da Universidade de Waterloo e membro do Centro de Pesquisa Microbiana de Waterloo (WCMR). .

Através da interface baseada na Web do AnnoTree, os usuários podem consultar qualquer gene de interesse. A presença ou ausência do gene será então “pintada” na árvore microbiana da vida para destacar espécies que contêm ou não o gene. Os usuários podem, então, “ampliar” mais e explorar linhagens específicas de interesse. Os usuários podem baixar imagens com qualidade de publicação, árvores filogenéticas, sequências de genes e outras informações.

AnnoTree usa o recém-desenvolvido Genome Taxonomy Database (GTDB), que fornece uma descrição detalhada e padronizada da filogenia e nomenclatura taxonômica para mais de 27.000 bactérias e 1.500 Archaea. Todos os 28.941 genomas microbianos no GTDB foram re-analisados, e anotações funcionais foram atribuídas a sequências de proteínas durante o desenvolvimento da plataforma AnnoTree. Os dados resultantes são armazenados em um banco de dados online que é aberto e acessível à comunidade de pesquisa. O banco de dados AnnoTree será atualizado automaticamente para incorporar revisões contínuas à taxonomia do GTDB.

A plataforma AnnoTree é uma ferramenta confiável e automatizada para os usuários explorarem genes e funções de interesse em micróbios. Os instantâneos genéticos resultantes permitirão que os pesquisadores gerem rapidamente hipóteses e identifiquem genes e funções que sejam adequados para estudos e aplicações posteriores.

Um artigo sobre a plataforma AnnoTree foi publicado recentemente na edição de maio de 2019 da revista científica Nucleic Acids Research.

Acesse o artigo científico completo (em inglês).

Acesse a plataforma gratuita AnnoTree (em inglês).

Acesse a notícia na página da Universidade de Waterloo (em inglês).

Fonte: Universidade de Waterloo. Imagem: Divulgação, AnnoTree.

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