Notícia

Nova ferramenta genômica permite maior compreensão do fígado

Fonte

Universidade de Estocolmo

Data

terça-feira, 7 dezembro 2021 06:35

Áreas

Bioinformática. Biologia. Genoma.

Pesquisadores do Departamento de Biociências Moleculares da Universidade de Estocolmo, na Suécia, aplicaram Transcriptômica Espacial para estudar a organização espacial do fígado.

“Em nosso estudo, aplicamos esse método para estudar a expressão gênica total de um pequeno número de células no espaço em seções de tecido do fígado”, disse o Dr. Johan Ankarklev, pesquisador principal e professor da Universidade de Estocolmo que liderou o estudo, em colaboração com o Dr. Joakim Lundeberg, professor do KTH Royal Institute of Technology e vários outros grupos de pesquisa, inclusive do Instituto Karolinska e do SciLifeLab.

O fígado é um tecido altamente heterogêneo em termos de espaço, que desempenha funções essenciais, como a regulação metabólica, incluindo a homeostase da glicose e do colesterol ou a síntese de proteínas, bem como a desintoxicação. Embora o perfil transcricional de uma única célula tenha avançado muito a compreensão do transcriptoma espacial do fígado nos últimos anos, faltou uma descrição abrangente da expressão gênica globalmente definida em seções inteiras do tecido hepático.

A base da tecnologia da Transcriptômica Espacial é uma matriz de lâmina de vidro com regiões de captura com código de barras (pontos), onde cada ponto tem a capacidade de capturar transcrições de mRNA do tecido que é colocado diretamente sobre ele. O método então combina dados de imagem com dados de transcriptoma do mesmo tecido, o que abre uma nova compreensão da organização espacial do fígado.

“Estamos empolgados em mostrar em nossos dados como as tecnologias transcriptômicas espaciais podem ser usadas para descrever padrões de expressão gênica espacial no fígado, o que indica seu impacto futuro para estudos de função, desenvolvimento e regeneração hepática, bem como seu potencial na fase pré-clínica e patologia clínica e, claro, biologia de infecções”, disse o Dr. Ankarklev.

Os pesquisadores também geraram novas abordagens computacionais que permitem medições de gradiente transcricional entre estruturas de tecido, em todo o tecido hepático. Por exemplo, eles foram capazes de medir a divisão da atividade metabólica (zoneamento) no fígado, em alta resolução e em seu verdadeiro contexto de tecido. O estudo foi realizado em seções de tecido de fígados de camundongos, mas o método é aplicável para uso em tecido de fígado humano também.

“Por fim, gostaria de destacar o excelente trabalho de Franziska Hildebrandt, doutoranda em meu laboratório, e o fantástico esforço de equipe de nossos colaboradores, cujas diversas especialidades tornaram possível este estudo”, concluiu o Dr. Johan Ankarklev.

Os resultados do estudo foram publicados na revista científica Nature Communications.

Acesse o artigo científico completo (em inglês).

Acesse a notícia completa na página da Universidade de Estocolmo (em inglês).

Fonte: Universidade de Estocolmo. Imagem: Dr. Johan Ankarklev. Fonte: Alexis Dziedziech, Universidade de Estocolmo.

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