Notícia

Rede em nuvem pode identificar bactérias em segundos

Fonte

Jornal da USP

Data

terça-feira, 20 fevereiro 2024 12:10

Áreas

Bacteriologia. Bioinformática. Biologia. Bioquímica. Biotecnologia. Diagnóstico. Doenças Infecciosas. Imunologia. Metabolismo. Microbiologia. Saúde Pública.

A espera por resultado de culturas bacterianas em fluidos biológicos pode ficar no passado com as novas tecnologias de informática. Um grupo de cientistas, brasileiros e de outros 14 países, acaba de lançar uma ferramenta que promete identificar rapidamente os microrganismos, particularmente bactérias, que infectam humanos e animais ou contaminam alimentos e o meio ambiente. Trata-se do MicrobeMASST, uma rede em nuvem, gerenciada por diferentes programas, que compara informações químicas de microrganismos, buscando pela identidade em um banco de dados mundial de acesso livre.

O feito envolve 15 países e 25 laboratórios diferentes, sete deles brasileiros, sendo três da Universidade de São Paulo (USP), e reúne mais de 100 milhões de dados vindos de quase 61 mil análises químicas microbianas. A amostragem, segundo o Dr. Norberto Peporine Lopes, um dos responsáveis pelos trabalhos no Brasil e professor da Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo (FCFRP-USP), é referenciada em 1.300 espécies, mais de 500 gêneros e mais de 260 famílias de bactérias e gerenciada por sistemas que facilitam a rápida identificação de agentes bacterianos.

A grande vantagem da ferramenta, argumentou o pesquisador, está justamente no curto período de tempo – alguns segundos – para o reconhecimento de um microrganismo que “muitas vezes tem que ser cultivado antes de ser analisado”. Como exemplo, o professor Norberto Lopes lembrou a importância vital de identificar uma bactéria para o início do tratamento de uma infecção.

Para além do interesse de toda a área de saúde, a identificação desses microrganismos serve a diferentes setores. Da agronomia (patógenos do solo ou plantas) à arqueologia, passando pela exploração de regiões menos exploradas do Planeta (como a Antártida), pela área alimentícia e a forense, a ferramenta deve servir a qualquer área que necessite descobrir rapidamente quais famílias de microrganismos uma amostra muito pequena contém.

Ao invés do genoma, massa e estrutura químicas

O MicrobeMASST é alimentado por dados de repositórios públicos como o da própria Rede Mundial de Material Molecular de Produtos Naturais (GNPS), plataforma criada em 2015 pelo mesmo grupo de cientistas, que reúne informações das mais diferentes substâncias químicas existentes no Planeta. Segundo os pesquisadores, a ferramenta preenche lacunas de outros bancos de dados públicos e comerciais que são limitados a modelos que usam o genoma e não a massa e estrutura químicas.

Para abarcar ao máximo o potencial metabolômico (grande diversidade química resultante do metabolismo) dos microrganismos, a nova ferramenta trabalha amostras de espectros que são fornecidos pela técnica de espectrometria de massa. Esses espectros são resultados de análises químicas de substâncias de cada amostra obtidos pela técnica, “que funciona como uma balança de moléculas que mede a massa de uma substância orgânica”, explicou o professor Norberto Lopes.

A substância orgânica, continuou o professor, possui massa constituída e é formada por ligações entre átomos, “por exemplo, carbono com carbono, carbono com oxigênio”. Assim, além do peso molecular, a espectrometria também fornece informações das diversas partes da molécula, ou seja, “as conectividades são quebradas após a pesagem da amostra e com isso podemos montar esse quebra-cabeça”.

Assim, a espectrometria de massas fornece duas informações: “A massa, que popularmente chamamos, de forma errônea, de peso, e quais são as ligações existentes entre os átomos, que é característica de cada uma das substâncias químicas”, completou o pesquisador.

Os resultados da pesquisa foram publicados na revista científica Nature Microbiology.

Acesse o artigo científico completo (em inglês).

Acesse a notícia completa na página do Jornal da USP.

Fonte: Rita Stella, Jornal da USP. Imagem: Freepik.

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