Notícia

Grupo da USP cria o primeiro banco de dados genômicos de bactérias multirresistentes

Fonte

Agência FAPESP

Data

terça-feira, 22 março 2022 10:25

Áreas

Bacteriologia. Biologia. Doenças Infecciosas. Genoma. Inteligência Artificial. Microbiologia. Saúde Pública.

Com o objetivo de contribuir para o monitoramento e o controle de bactérias multirresistentes, pesquisadores da Universidade de São Paulo (USP) e colaboradores criaram a plataforma One Health Brazilian Resistance (OneBR), que reúne dados epidemiológicos, fenotípicos e informações genômicas de microrganismos classificados pela Organização Mundial de Saúde (OMS) como de ‘prioridade crítica’, ou seja, aqueles contra os quais se necessita buscar urgentemente novos antibióticos porque os atualmente disponíveis perderam efeito.

Até o momento, o banco conta com dados de aproximadamente 500 patógenos humanos e outros 200 devem ser adicionados em breve. A iniciativa tem apoio da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP), do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) e da Fundação Bill e Melinda Gates.

“E a plataforma não é restrita a bactérias que infectam seres humanos. A iniciativa incorpora também a área veterinária, ou seja, agentes infecciosos de animais de criação ou domésticos; e também a microbiologia ambiental e dos alimentos. Nos baseamos no conceito de One Health [saúde única, que propõe a interconexão entre saúde humana, dos animais e do ambiente que os rodeia]”, disse à Agência FAPESP o Dr. Nilton Lincopan, professor do Instituto de Ciências Biomédicas (ICB-USP) e coordenador do projeto.

Outra perspectiva do grupo é incluir dados coletados por colegas latino-americanos. “Estamos conversando com pesquisadores de Chile, Argentina, Uruguai, Equador, entre outros. Seria mais interessante monitorar bactérias em nível continental, pois há grande circulação de pessoas e animais entre os países. A plataforma é como lego. Construímos a base e, a partir disso, as possibilidades são infinitas”, afirmou o professor Nilton Lincopan.

O acesso ao material é gratuito, on-line e não requer cadastro ou autorização. Basta entrar no site e navegar. Entre as informações disponíveis estão: o local em que o patógeno foi isolado (com dados de geolocalização do hospital ou serviço de saúde), dados clínicos do paciente (se a bactéria foi isolada da pele ou do sangue, por exemplo; em que data; que tipo de doença causou; quais medicamentos foram administrados; se o paciente foi hospitalizado etc.), dados epidemiológicos (número de casos registrados e distribuição geográfica, por exemplo) e a sequência completa do genoma bacteriano, com destaque para os principais genes de resistência e virulência – informações que podem ajudar o médico a escolher um antibiótico que tenha eficácia.

Todos os genomas inseridos na base de dados foram sequenciados pela equipe do professor Nilton Lincopan. Os isolados bacterianos enviados por colaboradores de todo o Brasil estão armazenados em um biorrepositório sediado na USP.

“Vamos supor que uma bactéria multirresistente seja detectada em um paciente de Recife. O profissional de saúde busca na plataforma e descobre que esse mesmo clone foi isolado em um hospital de São Paulo no ano anterior. Ele poderá perguntar se o paciente esteve internado nesse hospital e, em caso positivo, avisar a instituição sobre a disseminação e a possível origem do patógeno”, exemplificou o pesquisador.

O big data reunido na plataforma pode ser útil não apenas para médicos e equipes de vigilância sanitária, como também para veterinários, biólogos, engenheiros ambientais e pesquisadores ligados à área de biotecnologia, avaliou o Dr. Nilton Lincopan.

“É possível, por exemplo, buscar marcadores moleculares que possibilitem o desenvolvimento de kits para diagnóstico. Outra aplicação que estamos explorando, com colegas da área de inteligência artificial [IA], é a automatização do antibiograma com base nos dados genômicos”, destacou o pesquisador.

Como explica o pesquisador, o antibiograma é um teste que se faz para descobrir a quais antibióticos uma bactéria é suscetível. Hoje a técnica envolve o cultivo in vitro do microrganismo, em um processo que leva até 48 horas. Com o dado genômico e técnicas de IA, seria possível obter essa informação no mesmo dia do diagnóstico.

Acesse a notícia completa na página da Agência FAPESP.

Fonte: Karina Toledo, Agência FAPESP. Imagem: Arte farma t4h, a partir da Plataforma OneBR.

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